CueMol2動画骨子思案中
引き続きCueMol2の解説動画のプランを練りちゅう。
作業を選定して書きだす繰り返しに飽きて進捗が遅くなって参りました。。
次回放牧ぐらいでは動画撮影を始めたいですね…
とりあえずこんな↓動画になる予定。
書き出してる文字列はほぼそのまま吹き出しに入るはずです。
これを完成させたら「基礎編」の動画撮影に入ります〜
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・CueMol2は生体高分子の構造を見るための日本発のソフトウェアです
使用登録不要のフリーソフトで、動作の軽さ、操作のわかりやすさ、グラフィックの美しさなどが特長です
・ダウンロードはhttp://www.cuemol.org/ja/から行えます。
"Download"をクリック
OSに合わせて最新のバージョンのものをクリックします
・インストーラーがダウンロードされます。
インストーラーを起動し、指示に沿ってインストールを進めます。
・ダウンロードされたCueMolのアイコンをクリックしてCueMolを起動します。
・PDBファイルを開くには
(1) 保存してある既存のPDBファイルを読み込む
(2) PDB IDを指定してネットからダウンロードする
の2種類あります。
ここでは(2)の方法を使います。
・このアイコンをクリックするか
Menu > File > Get PDB using accession codeを選択します。
・PDB IDを入力します。
ここではID 1QIOのリゾチームを用います。
・開く分子モデルにはObjectとして固有に名前を与えます。
Objectには分子モデル以外に、電子密度や静電ポテンシャルなどがあります。
・デフォルトではファイル名から拡張子を除いた文字列が入っています。
ここでは"lysozyme"という名前にします。
・Renderer typeで分子モデルの表示方法を選択します。
simple 軽い
trace 線画のC-alpha(タンパク質),phosphate backbone(核酸)トレース 最速
cpk(空間充填モデル)
ballstick
ribbon
tube 主鎖のチューブ状モデル表示
nucl DNA, RNA向け 塩基が棒状に表示される
ここではsimpleを選びます
・分子モデルが表示されます
（メニュー・ツールバー・サイドパネル・分子ビュー・ログウィンドウ・ステータスバー）
・分子ビュー内ではマウスで分子モデルの表示を操作できます
左クリックでドラッグすると、視点（画面中心の白い十字）を中心に回転します
右クリックでドラッグすると水平移動
左右を同時クリックで上下方向ににドラッグすると、視点の位置が画面手前/奥の方向に移動します
Shiftを押しながら左右にドラッグするとスラブの幅を指定できます
スラブの幅とは、視点を中心に、手前と奥の方向に分子モデルを表示する範囲の幅のことです。
・これらの値は画面左のサイドパネルの「View」パネルからも操作できます。
・原子の位置で左クリックすると名称が表示されます
左下のステータスバーには原子の座標や温度因子など、詳しい情報が表示されます
・原子の位置で右クリックすると一番上に（読み込むときに指定した）分子オブジェクト名、チェイン名、残基名・番号、原子名が順に表示されます
Select this atomなら原子
residueなら残基
chainならチェイン
moleculeなら分子オブジェクト全体
を選択します
選択した部分は半透明の青色で強調されます
Add selectで選択部分を追加していくことができます
・Unselectで選択を解除
Invertで選択が反転します
・選択の操作は"MolStruct"パネルからも行うことができます
鎖名(chain name) > 残基番号,残基名 > 原子名(原子名) のように階層を開き、クリックで選んだ部分に対して
左下の矢印ボタンをクリックするとその部分が選択されます。
横のCenter atボタンで選択領域が画面の中心に来るよう視点が移動し
その横のZoom atボタンで選択領域に合わせて画面の拡大率が変化します
・選択した部分には個別にレンダラーを適用することができます。
PDBファイルを開くときにsimpleタイプのレンダラーを適用しましたが、いま選択している領域のみに対してballstick表示のレンダラーを適用しましょう。
Sceneパネルを開きます
レンダラー作成ボタンを押します
ドロップダウンリストからballstickを選択します
OKを押すと新たなレンダラーが追加されているのがSceneパネルから確認できます
・レンダラー作成画面でSelectionのチェックを外した場合、分子全体にレンダラーを作成できます。
・また、一度作成したレンダラーの適用範囲を変更することができます。
MolStruckパネルからレンダラーをあてはめたい領域を選び、矢印ボタンを押して領域を選択します。
Sceneパネルでlysozyme/ballstick1レンダラーの項目を右クリック
Selection > Currentを選択すると
ballstick1レンダラーの適用された範囲が変わるのがわかります。
・現在の作業画面をシーンとして保存し、CueMol2を閉じて次回開いたときに再び同じシーンを呼び出すことができるようになります。
File > Save Sceneで名前をつけて保存します。
CueMol2を閉じて再度起動し、File > Open sceneから先ほどのファイルを開きます
先ほどの作業画面から再開することができます。
・レンダラーの中には着色操作を行うものがあります。
これらはColorパネルから操作します
ドロップダウンリストから操作対象とするオブジェクト/レンダラーの組み合わせを選びます。
横の三角アイコンから着色方法を選べます
simple, ballstick, CPKなどのレンダラーはこの CPK Coloringがデフォルトです
⇔ Bafc Coloring ⇔ Rainbow
・マテリアルの追加
・「スタイル」の設定
