CueMol2応用編動画構想中・その2／64bit版Windows7でCueMol2からPOV-Ray呼び出しのレンダリングができないエラーについて

DBCLS CueMol2

前回エントリに引き続きCueMol2応用編の筋書きを組み立てています。

CueMol2では作成した分子モデルを、別途ダウンロードしたPOV-Rayを呼び出すことで3DCGとしてレイトレーシングを行うことが可能になっています。
参照：POV-Rayによるシーンのレンダリング(CueMol2 GUIのチュートリアル)
今回の動画でその内容を扱いたかったのですが、どうにも制作環境ではチュートリアルのとおりに進めてもRenderボタンを押す段階で以下のようなエラーメッセージが無限に出て先に進めなくなってしまいます…orz


なぜ…

別途チュートリアルからダウンロードしたコンパイル済POV-Rayが動作環境であるWindows7の64Bitに対応していないのではないかという話が出ています。
どうなっているか把握しきれていないです…

今日はこのエラーをはじめいろいろと紆余曲折があってあまり仕事が進んでいないです。

ひとまず進んだところまで動画構想を。↓


【応用編】
■原子間の距離を測る
・モデルを simple Renderer 表示にします。
・分子ビュー上部の Home タブを Measure タブに切り替えます。
・距離を測定したい二原子をクリックすると原子間に点線が引かれ、間の距離が表示されます。
・画面下部の Log window に，選択した各3原子の原子名と距離が出力されます

・同様に Measure 機能で、3原子で作られる角の角度を測定することができます。
・Distance ボタンを Angle ボタンに切り替え、原子3つを選択します。
・原子によって作られる角の大きさが表示されます。

■相互作用を確認する（点線とか）
・Scene パネルを開くと、このように表示させた角度や距離が measure という名前の Renderer に作成されていたことがわかります。
・この Renderer の名前は Distance, Angle タブの横のドロップダウンリストから設定できます。
・ ドロップダウンリストで新しく Renderer の名前を設定し、原子間の相互作用を新しい Renderer にまとめることができます。
・Scene パネルからいま作成した measure Renderer を右クリックし、Style から点線の形状を変更することができます。
・Properties > Interaction から詳細な形状を設定できます。

・相互作用 Renderer に含まれる原子をあとから削除することができます。
・measure Renderer を右クリックし、Edit Interaction List... を選択
・外したい原子を選択し、赤い Delete ボタンを選択　OKを押す

■Material等POV-Rayを用いたレンダリング
できない！！後回し

■分子重ねあわせ
※モデリング済pdbファイルを準備すること。
・ファイルを2つ用意し、Edit > Mol superposition をクリック
・Reference の Molecule に動かさない方の pdb ファイルを、Moving の Molecule に動かしたい pdb ファイルを選択します。
このとき、Algorithm(重ねあわせの方法)にLeast Square Fitting (LSQ) を選択すると、

・タンパク質以外に核酸分子など、どのような分子の重ね合わせにも利用できる
・重ね合わせるべき原子を正しく指定しないと機能しない

方法で重ね合わせを行います。
各分子で選択されている原子数が同じになっているか
各分子の適切な部分が対応して指定されているか
に注意してください。

重ね合わせが成功すると、分子が移動しログウィンドウにメッセージが表示されます。


分子中の重ね合わせる部分を選択しておいて、その部分について重ね合わせることもできます。


AlgorithmでSecondary Structure Matching(SSM)を選択すると、自動的に二次構造が似ている部分を判断し重ね合わせを行います。


・タンパク質分子の重ね合わせにしか使うことができない
・重ね合わせる原子を指定する必要がない

のが特徴です。

■分子表面

CueMol2.0.1以降では分子表面を生成することができます。
分子ファイルを開いた状態で、　Tool > Mol surface generation をクリック

Target moleculeは分子を複数開いている場合に設定します。
分子の一部分について分子表面を作りたい場合、Selection にチェックを入れ、ドロップダウンリストから適当な箇所を選びます。

Densityの値が大きいほど、作成される分子表面のきめが細かくなります。
一方で計算や読み込みに時間やメモリが必要になります。

Probe Radiusは表面を計算する際のprobeの半径を表します。
値が大きくなるほど形のおおまかさが大きくなります。

OKを押すと分子表面が生成されます。
分子表面は Renderer として作成されます。

■APBSによる静電ポテンシャルマップの計算

■結晶表示

■コピペ機能
http://www.cuemol.org/ja/index.php?cuemol2/ObjRendCopyPaste