CueMol2応用編動画構想中

DBCLS DBCLS CueMol2

お久しぶりです。台風で飛騨高山に閉じ込められたりなどしておりました。

さて前回CueMol2の基礎編動画2本をアップロードしぶじ検閲をくぐりぬけ公開されたので、続いて応用編動画の構想を練っています。

【応用編】
■原子間の距離を測る
・モデルを simple Renderer 表示にします。
・分子ビュー上部の Home タブを Measure タブに切り替えます。
・距離を測定したい二原子をクリックすると原子間に点線が引かれ、間の距離が表示されます。
・画面下部の Log window に，選択した各3原子の原子名と距離が出力されます

・同様に Measure 機能で、3原子で作られる角の角度を測定することができます。
・Distance ボタンを Angle ボタンに切り替え、原子3つを選択します。
・原子によって作られる角の大きさが表示されます。

■相互作用を確認する（点線とか）
・Scene パネルを開くと、このように表示させた角度や距離が measure という名前の Renderer に作成されていたことがわかります。
・この Renderer の名前は Distance, Angle タブの横のドロップダウンリストから設定できます。
・ ドロップダウンリストで新しく Renderer の名前を設定し、原子間の相互作用を新しい Renderer にまとめることができます。
・Scene パネルからいま作成した measure Renderer を右クリックし、Style から点線の形状を変更することができます。
・Properties > Interaction から詳細な形状を設定できます。

・相互作用 Renderer に含まれる原子をあとから削除することができます。
・measure Renderer を右クリックし、Edit Interaction List... を選択
・外したい原子を選択し、赤い Delete ボタンを選択　OKを押す

■Material等POV-Rayを用いたレンダリング
できない！！後回し

■分子重ねあわせ
※モデリング済pdbファイルを準備すること。
・ファイルを2つ用意し、Edit > Mol superposition をクリック
・Reference の Molecule に動かさない方の pdb ファイルを、Moving の Molecule に動かしたい pdb ファイルを選択します。
このとき、重ねあわせの方法にLeast Square Fitting (LSQ) を選択
各分子で選択されている原子数が同じになっているか
各分子の適切な部分が対応して指定されているか
に注意してください。

■分子表面

■APBSによる静電ポテンシャルマップの計算

■結晶表示

■コピペ機能
http://www.cuemol.org/ja/index.php?cuemol2/ObjRendCopyPaste


などを中心に考えています。

やはり、同じ機能を果たす分子ビューワであってもPyMOLなどと比べGUIで、わかりやすく、多くの機能を使える点がCueMol2の強みでしょうか。

はやく動画の内容を固めて動画つくりたいなー