ChEMBL、統合TV完成（未アップロード）
ChEMBLの統合TV製作にケリをつけました。camproj動画ファイルに残り音声をつけたら出力→アップロードできる段階です。
ChEMBLdbは、創薬研究に有用な医薬品化合物の情報を提供するデータベースです。現在、約50万個の化合物情報、約190万件の活性情報及びそれらのターゲット情報が登録されています。ユーザーは、生物活性化合物の情報を部分構造検索や類似性検索で調査したり、また、ターゲットのアミノ酸配列からBLAST検索でアッセイ情報を収集することができます。
http://chembl.blogspot.jp/2009/11/blog-post.html
↓最終的な内容
- Target Search - タンパク質を名前/系統樹/BLAST配列から指定し、リガンドを探す
タンパク質に対するリガンドを活性データ/結合アッセイデータ、Ligand Efficiency Plot(リガンド効率指数)、分子量…の値ごとに表示できる。
↑ "Bioactivity filter"でIC50, EC50, KDなどのパラメータを特定の範囲で限定できる。有用そう
・リガンドについての実験情報
ターゲットと化合物のBinding/Functional/ADMET(assessment of in vivo absorption, distribution, metabolism excretion and toxicity)
ADMET…吸収・分布・代謝・排泄および毒性の頭文字をとったもの．これら5種類のパラメータは，組織における薬物の濃度や生体内での薬物動態を規定するため，薬物の力価に大きな影響を及ぼす（https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/index.html ）
活性情報のエンドポイント IC50(half maximal inhibitory concentration), Ki(binding affinity),MIC(minimum inhibotory concentratuon), % inhibition(of activity)
- Compound Search - 化合物の構造を投げ、類似性から探す/名前から探す/SMILE・IDから探す
・医薬品情報について補足。Drug class(低分子,ペプチド, 抗体…)、Rule of Five compliant、経口か、承認年が02年以降か、ファースト・イン・クラスか、モノクロ抗体か、Parental Delivery, Topical Delivery、エナンチオマーの有無、Prodrug(そのままでは不活性な、もしくは明らかに活性の低い形態で投与される医薬品 投与されると、生体による代謝作用を受けて活性代謝物へと変化し、薬効を示す。)か、Boxed warning(=黒箱警告)…etc
↓時間の都合であきらめた内容
- Analysis of key gene families - キナーゼとGPCRのSAR(Structure-activity Relationship)情報
特に特色あるのは以下の3つ？
-"Family Browsing" 分子系統樹からキナーゼ（GPCR）を絞っていき、ターゲット化合物を探す
キナーゼ(GPCR)ひとつにつき"Report Card"ページで承認薬情報が得られる
-"Binding site" 特定のキナーゼについて結合する部位別に化合物を検索する（キナーゼのみ、GPCRにはない）
-"Structure" 三次元構造の重ねあわせで化合物の結合位置を確認（キナーゼのみ、GPCRにはない）
- Neglected Tropical Disease(NTD) archive - 熱帯病の医薬品候補化合物DB
値の指標はFAQに載っている
盛り込みたい話はいくらでもあったのですがあっさりめに動画を仕上げて（それでも4分半）終了です。
2月内の統合牧場の移転に伴ってラスト放牧でした。統合TV制作班としてのRA活動も一区切りになります。
ありがとうございました。
今後このブログどうしようね？
