ChEMBL、統合TV製作にむけて調査が進みました

DBCLS Mendeley ChEMBL

ご無沙汰です。本業に時間を取られまくっていたらすっかり数カ月ぶりの放牧作業です。

ChEMBLの統合TV製作にむけ調査を進めています。
医薬品/化合物業界の用語やパラメータの意味が門外漢にはさっぱりでいちいち調べながら作っているので遅々として進まないです。ひぃ。勉強になります（かすれた声）

ChEMBLdbは、創薬研究に有用な医薬品化合物の情報を提供するデータベースです。現在、約50万個の化合物情報、約190万件の活性情報及びそれらのターゲット情報が登録されています。ユーザーは、生物活性化合物の情報を部分構造検索や類似性検索で調査したり、また、ターゲットのアミノ酸配列からBLAST検索でアッセイ情報を収集することができます。
http://chembl.blogspot.jp/2009/11/blog-post.html

前回調査した「おもなサービス」の使い方を軽く紹介する方向で、以下ぐらいまで調査を進めました
（自分用メモのコピーなのでたいへん見にくいですが）

  • Target Search - タンパク質を名前/系統樹/BLAST配列から指定し、リガンドを探す

タンパク質に対するリガンドを活性データ/結合アッセイデータ、Ligand Efficiency Plot(リガンド効率指数)、分子量…の値ごとに表示できる。
・リガンドについての実験情報
ターゲットと化合物のBinding/Functional/ADMET(assessment of in vivo absorption, distribution, metabolism excretion and toxicity)
ADMET…吸収・分布・代謝・排泄および毒性の頭文字をとったもの．これら5種類のパラメータは，組織における薬物の濃度や生体内での薬物動態を規定するため，薬物の力価に大きな影響を及ぼす（https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/index.html ）
活性情報のエンドポイント　IC50(half maximal inhibitory concentration), Ki(binding affinity),MIC(minimum inhibotory concentratuon), % inhibition(of activity)

  • Compound Search - 化合物の構造を投げ、類似性から探す/名前から探す/SMILE・IDから探す

・医薬品情報について補足。Drug class(低分子,ペプチド, 抗体…)、Rule of Five compliant、経口か、承認年が02年以降か、ファースト・イン・クラスか、モノクロ抗体か、Parental Delivery, Topical Delivery、エナンチオマーの有無、Prodrug(そのままでは不活性な、もしくは明らかに活性の低い形態で投与される医薬品 投与されると、生体による代謝作用を受けて活性代謝物へと変化し、薬効を示す。)か、Boxed warning(=黒箱警告)…etc

この「化合物情報」データ欄の解釈の仕方がいまいちわからないので引き続き要調査

  • Analysis of key gene families - キナーゼとGPCRのSAR(Structure-activity Relationship)情報
  • Neglected Tropical Disease(NTD) archive 　- 熱帯病の医薬品候補化合物DB