CueMol2のお勉強その1.1　【追記】

DBCLS Cuemol2

こんにちは、森田です。

高分子構造ビューアCueMol2の解説動画づくりのネタ仕入れに勤しんでいます。
なぜ今回の動画はCueMol2？といわれると、私が「原産地に近くて融通が利く（かもしれない）ため作りやすいから」。
今回は限りなく製作者の方にアクセスするチャンスがある環境での動画作りです。


さて融通が利くから作るとはいえ、解説動画づくりにあたって題材も完成品も有用であってほしいもの。
まずは題材をとりまく環境について調査。

■高分子構造ビューアのフリーソフトウェアの戦場
統合TV Curated > 「タンパク質配列解析」 > 「タンパク質のモチーフやドメインを知りたいとき」 > と調べると、タンパク質などに使える高分子構造を見るためのソフトウェア解説動画で取扱いのあるのはPyMOL, Chimeraの2つ。

PyMOLでGoogle検索すると2011/6/30現在でヒットが約 381,000 件。
一方CueMolでGoogle検索するとヒットが約 12,400 件。

研究室に入っている家畜仲間の声も参考にするとPyMOLが分子モデリングソフトウェアではリードしているのかなという感触。
ネット上で見つけた「純国産のCueMolはPyMOLの牙城を崩せるか？」とのコメントが現状を端的に表しているのかなーと。

本日の放牧は上で紹介した統合TVの解説動画2つを見るところまで勉強、という感じでした。


比較できる点をいくつか書き出したので、今後実際にCueMolを触ってみながら差別化を考えて、そのあと動画を作っていきたいと思います。

それでは。

    • -

【午後の作業について追記】
CueMol2のチュートリアルに沿って実際にCueMol2を操作してみてます。
チュートリアルから動画コンテンツ入りするかな…？と思うのが以下の操作。

もう少しいじってみて内容を詰めます。
に加え、他の分子ビューアとの比較点も挙げながら動画の骨子を組み立てていこうと思います。
あ、動画はきそへん／きそへん以外　に分けるかも未定です。笑


【きそへん】
・PDBファイルを開く。
　-既存のファイルを開く
　-IDをもってくる
・選択した部分にレンダリングを適用する
　↑↓
　分子全体にレンダリングを適用する
　「レンダリング」の説明
・レンダリング適用範囲を変更できる
・「シーン」を保存
　「シーン」の説明
・着色方法の変更
　CPK Coloring ⇔ Bafc Coloring ⇔ Rainbow
・色の変更
・塗りの追加
　削除
・Camera
「 分子を見ているときに， ある視点を保存しておいて，後で再度その視点で見てみたいことがあったりするかもしれません
そういう場合は，Cameraとして視点の位置や向きなどを名前を付けてシーン中に保存しておくことができます．」
　Scene > Camera
・PNG書き出し

【きそへん？】
・POV-Rayファイル書き出し
・原子間の距離を測る
・相互作用を確認する（点線とか）