「siDirectでsiRNAを設計する」動画リメイク準備なう

DBCLS siDirect

お久しぶりです、連休明けですね。月曜午前が定位置の森田です。
あ、、このたび正式に辞令をうけとり

「情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター技術補佐員」

の肩書きをモノにしました。
ネタになりそうな長さです笑

私情ですが学科の実習レポートと、別のところでの企画運営準備で
プチ詰み状態が見えてるので少しのあいだ放牧ペースが落ちるかもです。

▼詰みの一因の企画がこちら（さらりと宣伝）
今週日曜です。「研究プロデュースゼミ」
運営してます。志望としての研究職を見つめ直そうと。
単純にゲストの研究者の方が豪華なので、それだけで見所でもあります。

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さてさて閑話休題。放牧中のおはなし。


前回の放牧は動画をはじめて完成させアップロードし、お次の動画のネタまで決まったところでした。

今回のお題は「siDirect (version 2.0)」。
哺乳類細胞でノックダウンしたい遺伝子について、効率のよいsiRNA配列を決めてくれます。
牧場の先輩(？) @meso_cacaseさんが制作されたものです。

とりあえず前回〜今回放牧で実際にsiDirectをいじって、
実際の遺伝子について有効とされるsiRNA配列を吐き出させてみたり。
その手順をメモ帳に書き起こして、ひととおり操作説明動画に使う見出しの準備したり。


それから今回は実際siDirectを使う人がどんな状況なのか
個人的に興味があって、siRNA設計やらsiRNA実験やらの現状を調べたりしてました。
えー、つまり単純にぐぐったり、牧場マシンのCiNii論文を読める環境(！)を活かしてsiRNA実験の論文を軽く覗いたり。
（でも論文はリサーチ力不足でほとんどまともに見つけられず……
この力は養っておきたい‘⌒｀
というかsiRNA実験の実例ほんとに知りたい！）


あれですね。きちんと調査しているわけではないですが、
siRNAでの遺伝子ノックダウンがツールとして使われるのにsiRNA設計が大活躍するのは間違いなさそう。
けどsiRNA配列設計Webツールを頼るよりかは、市販のプリメイドsiRNAを使う流れが大きいみたいですね……


http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech3/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1350
「今もあるかどうかわかりませんがsiDirectというサイトがよかったです。
ただ近年はvalidateされたsiRNAが売られているので、わざわざ自分で設計する必要はないのでは？」

http://okwave.jp/qa/q1109684.html
「しかし最近では何万もの遺伝子のsiRNAが様々なメーカーからプリメイドで提供され始めていますから、それを使うのが結局は手っ取り早い、ということになるかと思います」


ｐ‘⌒｀ｑ；；


手軽でいいと思うんですけどねえ……
（けどsiDirectをプラス評価する意見を見つけたことは嬉しかったり♪）

話を聞くに、市販のsiRNAだと配列がわからなかったり、
ノックアウト効率やオフターゲット効果の割合を調整できないのが難点なんだとか。
その点、自分の手で配列を設計するメリットがあるのかもしれませんね。

まあそんなこんなで。次回からは本格的に動画制作に入りたいと思います。
それでは。